El departament de Ciències Mèdiques Bàsiques de Lleida es fa crear l’any 1987 com un departament de la Universitat de Barcelona i dins l’estructura de la Facultat de Medicina de Lleida, que té una tradició de més de 700 anys i és la més antiga de la corona d’Aragó i la quarta de la Península.

Amb la creació de la Universitat de Lleida el 1991, el departament va passar a integrar-se a la mateixa. Com a conseqüència del seu creixement, l’any 2007, el departament es va dividir, generant el departament de Medicina Experimental i l’actual departament de Ciències Mèdiques Bàsiques. Els professors de CMB han passat de donar classes inicialment en la llicenciatura de Medicina, fins l’actualitat on participen principalment en els Graus de Medicina, Ciències Biomèdiques, Nutrició Humana i Dietètica de la Facultat de Medicina,  els Graus de Biotecnologia i Ciència i Tecnologia d’Aliments de l’Escola Tècnica Superior d’Enginyeria Agrària (ETSEA), i més recentment en el doble grau de  Nutrició Humana i Dietètica i Fisioteràpia del Campus d’Igualada. 

Al llarg d'aquests anys els equips directius que s'han succeït han estat els següents:

-1988-1992: Dr. Joaquim Ros (director); Joan Prat (secretari)

-1992-1996: Dr. Joaquim Ros (director); Joan Rivera (secretari)

-1996-2001: Dr. Joan Rivera (director); Dr. Joaquim Ros (secretari)

-2001- 2004: Dr. Enric Herrero (director); Dr. Albert Sorribas (secretari)

-2004-2007: Dr. Albert Sorribas (director); Dr. Reinald Pamplona (secretari)

-2007-2010: Dr. Albert Sorribas (director); Dra. Elisa Cabiscol (secretària)

-2010-2016: Dr. Joaquim Ros (director); Dr. Dani Sanchis (secretari)

-2016-2019: Dr. Enric Herrero (director); Dr. Dani Sanchis (secretari)

-2019-actual: Dra. Elisa Cabiscol (directora); Dr. Rui Alves (secretari)